Die Gebietskirche Süddeutschland hat rund 108.000 Mitglieder (Stand 01.01.2018). Je nach ihrem Wohnort, gehören sie zu einer der Kirchengemeinden in Baden-Württemberg und Bayern. In ihrer Gemeinde sind sie beheimatet – hier erleben sie seelsorgerische Begleitung, hier besuchen sie die Gottesdienste, hier engagieren sie sich im Gemeindeleben.

Die einzelnen Gemeinden sind das Zentrum des kirchlichen Lebens. Sie werden von Amtsträgern geleitet (Gemeindevorsteher), die in ein priesterliches Amt ordiniert sind. Unterstützt werden die Gemeindevorsteher von weiteren priesterlichen Amtsträgern. Neben der Durchführung von Gottesdiensten gehört es zum Auftrag der priesterlichen Amtsträger, Segenshandlungen (Konfirmation, Trauung, Trauerfeier usw.) durchzuführen und die Gemeindemitglieder seelsorgerisch zu betreuen. Diakone erfüllen vielfältige Dienste in der Gemeinde und unterstützen die Priester bei der Seelsorge.

Mehrere Gemeinden, die räumlich nahe beieinander liegen, bilden einen Kirchenbezirk. Die Zuordnung der Gemeinden zu einem Bezirk hat sich historisch entwickelt; die Kirchenbezirke sind unterschiedlich nach Mitgliederanzahl und geographischem Gebiet. Mit der Leitung eines Kirchenbezirks (Bezirksvorsteher) wird ein Amtsträger beauftragt, der in ein priesterliches Amt ordiniert ist.

Aus einigen Kirchenbezirken setzt sich ein Apostelbereich zusammen. Ein Apostelbereich wird jeweils von einem Apostel geleitet. Auch die Bischöfe, die an der Seite der Apostel wirken, erfüllen im Regelfall regionale Aufgaben. In Süddeutschland gibt es sieben Apostelbereiche.

Die Zuordnung der Kirchenbezirke zu den Apostelbereichen hat sich ebenfalls historisch entwickelt und führte zu teils sowohl nach Mitgliederanzahl als auch nach Fläche unterschiedlicher Größe der Apostelbereiche. Eine Harmonisierung erfolgte zum 1. Januar 1999 durch eine andere organisatorische Zuordnung einiger Bezirke zu Apostelbereichen. Zum 1. September 2013 gab es eine weitere Umstrukturierung.

Präsident der Gebietskirche ist der Bezirksapostel. Er leitet die Gebietskirche und vertritt sie gerichtlich und außergerichtlich.