Der Gebietskirche Süddeutschland hat 110.000 Mitglieder (Stand Januar 2016). Je nach ihrem Wohnort, gehören sie zu einer Kirchengemeinde. In ihrer Gemeinde sind sie beheimatet – hier erleben sie seelsorgerische Begleitung, hier besuchen sie die Gottesdienste, hier engagieren sie sich im Gemeindeleben.

Die einzelnen Gemeinden sind das Zentrum des kirchlichen Lebens. Sie werden von Amtsträgern geleitet (Gemeindevorsteher), die in das Hirten-, Evangelisten- oder Priesteramt ordiniert sind. In der Seelsorge werden die Gemeindevorsteher von weiteren priesterlichen Amtsträgern unterstützt. Diakone erfüllen Dienste in der Gemeinde.

Mehrere Gemeinden, die räumlich nahe beieinander liegen, bilden einen Kirchenbezirk. Die Zuordnung der Gemeinden zu einem Bezirk hat sich historisch entwickelt; die Kirchenbezirke sind unterschiedlich nach Mitgliederanzahl und geographischem Gebiet. Mit der Leitung eines Kirchenbezirks (Bezirksvorsteher) wird im Regelfall ein Amtsträger beauftragt, der in das Bezirksältesten-Amt ordiniert ist. Amtsträger, die in das Bezirksevangelisten-Amt ordiniert sind, werden als Stellvertreter des Bezirksvorstehers beauftragt.

Aus einigen Kirchenbezirken setzt sich wiederum ein Apostelbereich zusammen. Ein Apostelbereich wird jeweils von einem Apostel geleitet. Auch die Bischöfe, die an der Seite der Apostel wirken, erfüllen regionale Aufgaben. In Süddeutschland gibt es sieben Apostelbereiche.

Auch die Zuordnung der Kirchenbezirke zu den Apostelbereichen hat sich historisch entwickelt und führte zu zum Teil sowohl nach Mitgliederanzahl als auch nach Fläche unterschiedlichen Größe. Eine Harmonisierung erfolgte zum 1. Januar 1999 durch eine andere organisatorische Zuordnung einiger Bezirke zu Apostelbereichen. Zum 1. September 2013 gab es eine weitere Umstrukturierung.

Präsident der Gebietskirche ist der Bezirksapostel. Er leitet die Gebietskirche und vertritt sie gerichtlich und außergerichtlich.